Test diagnostique :
- Dépistage néonatal positif pour la fibrose kystique
- Test à la sueur élevé (> 30 mM)
- Infections respiratoires récurrentes
- Insuffisance pancréatique
- Bronchiectasies chroniques
- Pancréatites chroniques
- Iléus méconial
- Absence congénitale du vas deferens
Test de porteur :
- Signes fœtaux de fibrose kystique à l’ultrason (intestins hyperéchogènes, dilatation des anses fœtales, non-visualisation de la vésicule biliaire)
- Origine Saguenay Lac-St-Jean, Charlevoix ou Haute-Côte-Nord
- Au moins un apparenté atteint ou porteur
- Conjoint.e atteint.e ou porteur.se
Cette analyse détecte les variations de séquence et du nombre de copies des exons codants et des régions introniques adjacentes (+/- 10 pb) de CFTR (NM_000492.4). Certaines variations pathogènes non codantes connues sont également couvertes (ClinVar ID: 53158, 53338, 53331, 35864, 53789 et 7166).
Les régions ciblées sont enrichies à l'aide de sondes d'hybridation (IDT). Les librairies de séquençage sont préparées à l'aide d'une trousse commerciale (Illumina). Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué sur la plate-forme Illumina. Les séquences produites sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37. L’identité de l’échantillon est confirmée en parallèle en utilisant le SNaPshot™ Multiplex Kit de Applied Biosystems™. Les variations sont interprétées conformément aux recommandations dans le domaine (PMID: 25741868). Les variations du nombre de copies cliniquement pertinentes sont confirmées par une méthode orthogonale (gap-PCR, micropuce, MLPA ou TaqMan).
Selon les résultats de l'étude de validation, la sensibilité et la spécificité analytiques sont >99% pour les variations de séquence et du nombre de copies. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d'une variation rare non détectable par cette analyse chez cette personne. Cette analyse ne détecte pas toutes les variations possibles du gène testé. Sauf mention explicite, seuls les exons codants et les régions introniques adjacentes sont ciblés. En outre, certains types de variations techniquement difficiles peuvent ne pas être détectés: grandes délétions/insertions, petites variations du nombre de copies, réarrangements géniques, variations dans des régions répétées de faible complexité ou des duplications segmentaires, variations post-zygotiques (PMID: 34007000). L'interprétation des résultats dépend fortement des informations cliniques et démographiques fournies au laboratoire.
Seules les variations cliniquement pertinentes sont rapportées. Les variations bénignes/probablement bénignes ou de signification incertaine, ayant des preuves de pathogénicité limitées, ne sont pas rapportées. Seulement les variations causant la fibrose kystique classique sont rapportées pour les tests de porteur.
Délai d'exécution : 4-6 semaines
Échantillons acceptés :
- 2 x 4 mL de sang (tube EDTA, bouchon violet) – 2 mL pour nouveau-né
- ADN : min 10 ug
- Liquide amniotique : min 10 mL
- Prélèvement des villosités choriales (CVS) : min 10 mg
- Amniocytes ou CVS cultivés : 2 flacons T25 confluents
- Pour tous autres types d'échantillons, contacter le laboratoire pour la disponibilité des analyses
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