Cette analyse peut être demandée pour les patients atteints des types de tumeurs suivants :
- Sarcomes
- Cholangiocarcinomes
- Tumeurs cérébrales
- Tumeurs solides rares
- Certaines hémopathies malignes
Ce test de reséquençage ciblé basé sur la capture est conçu pour détecter les altérations de l'ARN, y compris les fusions, et d'autres événements d'épissage aberrants d'intérêt, les variants de nucléotide unique (SNV), les petites insertions/délétions (indels) et les duplications en tandem internes dans un nombre sélectionné de gènes cliniquement pertinents pour les tumeurs solides.
Consultez la liste complète des gènes pour les fusions inclus dans ce test.
Ce test est effectué sur des échantillons d'ARN extraits de tissus frais ou congelés, de tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFIP), de sang périphérique ou de moelle osseuse. L'analyse est effectuée à l'aide d'un kit d'enrichissement de préparation d'ARN de la compagnie Illumina (RNA prep, catalogue Illumina n° 20040537) et les régions sont capturées à l'aide des oligos d'enrichissement du panel d'exome d'Illumina (catalogue Illumina n° 20020183). Le séquençage massivement parallèle à paires de fragments de 75-pb est effectué avec un instrument Illumina NextSeq550. Les séquences d'ADNc sont alignées et comparées au génome de référence GRCh38 pour identifier les fusions et autres événements d'épissage aberrants d'intérêt, les SNV, les indels et les duplications en tandem internes dans une liste sélectionnée de gènes (voir annexe).
Les paramètres de contrôle qualité suivants au niveau de l'analyse sont ciblés pour les échantillons de tissus frais ou congelés, de sang périphérique ou de moelle osseuse: performances Q30 atteintes lors de la validation, génération de lectures FASTQ doit être égal ou supérieur à 8,0 millions et le pourcentage des lectures alignées sur régions ciblées doit être égal ou supérieur à 75%. Les paramètres de contrôle qualité suivants au niveau de l'analyse sont ciblés pour les échantillons FFIP (fixés au formol et inclus en paraffine): performances Q30 obtenues lors de la validation, génération de lectures FASTQ doit être égal ou supérieur à 4,0 millions et le pourcentage des lectures alignées sur régions ciblées doit être égal ou supérieur à 75%. De plus, un ensemble de 15 gènes de contrôle de qualité proxy (pQC) (ABI1, CD74, CNBP, CTNNB1, FLNA, GTF2I, HSP90AA1, NONO, PRKAR1A, SEC31A, SEPTIN2, STAT6, TAF15, TCF12, ZNF207) sont utilisés pour évaluer la qualité des échantillons d'ARN (PMID:36958423). Le niveau d'expression des gènes pQC a été utilisé pour établir un seuil pour les paramètres de qualité. Seuls les échantillons contenant au moins 11 des 15 gènes pQC présentant des niveaux d’expression acceptables sont acceptés pour analyse.
Ces résultats de laboratoire ont été générés à l'aide d'un test basé sur la capture; les résultats doivent être considérés en conjonction avec d’autres informations cliniques et résultats diagnostiques. Le test NGS se limite à tester la présence de réarrangements exon-exon et d’autres événements d’épissage aberrants d’intérêt, de SNV, d’indels et de duplications en tandem internes. Ce panel ne teste pas de manière exhaustive les variants structurels de tous les gènes présents dans le génome et n'inclut pas l'intégralité des régions codantes des gènes spécifiquement ciblés pour la détection des SNV, des indels et des duplications internes en tandem. La liste des exons spécifiques pour chaque gène ciblé par ce test est disponible sur demande.
La sensibilité analytique de ce test est estimée à 100 % pour les tissus frais ou congelés, le sang périphérique et la moelle osseuse avec une atteinte de la maladie de 20 % ou plus. La sensibilité analytique de ce test est estimée à 98.17% % pour les FFPI avec une atteinte de la maladie de 20 % ou plus. Cependant, cette méthodologie peut ne pas détecter les variants structurels, les SNV, les indels ou les duplications internes en tandem qui ont une faible abondance en raison de populations sous-clonales de faible niveau ou de faibles niveaux d'expression. De plus, un ARN de mauvaise qualité peut diminuer le nombre et la qualité des lectures, ce qui peut par la suite réduire la sensibilité du test et potentiellement conduire à des résultats faussement négatifs.
Les variants sont interprétés et catégorisés en fonction de leur impact clinique, conformément aux normes et lignes directrices en vigueur dans le domaine (PMID: 27993330): niveau I, variants avec une forte signification clinique (preuves de niveau A et B); Niveau II, variants ayant une signification clinique potentielle (preuves de niveaux C et D); Niveau III, variants avec une signification clinique inconnue; et variants de niveau IV, bénignes ou probablement bénignes. Les évaluations sont limitées par les informations disponibles au moment du rapport publié pour un phénotype, un gène, un locus ou un variant donné.
Les variants structurels classés comme bénignes ou probablement bénignes observés à une fréquence significative parmi tous les échantillons testés ou dans les bases de données de population sans aucune preuve publiée d'association avec le cancer ne sont pas inclus.
Délai d'exécution : 15 jours ouvrables
Échantillons acceptés :
- 10 coupes de 10 μm dans un tube de 1,5 mL
- 10 lames blanches de 10 μm d’épaisseur
- Un pourcentage de cellules tumorales (PCT) de 20% ou plus est requis. L'information doit absolument nous être transmise pour attester la validité du test.
Veuillez consulter nos directives de préparation et d'envoi d'échantillons pour plus de détails.
Soumettez votre demande de test en utilisant notre requête pour tumeur solide.