Test diagnostique :
- Patient.e rencontre les critères d’éligibilité pour une suspicion d’hypercholestérolémie familiale :
- Taux non-traité de LDL-cholestérol élevé :
- ≥ 5.0 mmol/L à 40 ans ou plus
- ≥ 4.5 mmol/L entre 18 et 39 ans
- ≥ 4.0 mmol/L à 17 ans ou moins
- ET au moins un des éléments suivants :
- Xanthomes tendineux chez le patient
- Variation génétique pathogène connue chez un apparenté du premier degré
- Taux élevé de LDL-cholestérol chez le patient (≥ 8.5 mmol/L)
- Apparenté du premier degré avec un taux élevé de LDL-cholestérol
- Patient ou apparenté du premier degré avec maladie cardiovasculaire athérosclérotique (hommes ≤ 55 ans, femmes ≤ 65 ans)
- Taux non-traité de LDL-cholestérol élevé :
Cette analyse détecte les variations de séquence et du nombre de copies des exons codants et des régions introniques adjacentes (+/- 10 pb) des gènes LDLR (NM_000527.5), APOB (NM_000384.3) et PCSK9 (NM_174936.4).
Contenu du panel
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| APOB | NM_000384.3 |
| LDLR | NM_000527.5 |
| PCSK9 | NM_174936.4 |
Les régions ciblées sont enrichies à l'aide de sondes d'hybridation (IDT). Les librairies de séquençage sont préparées à l'aide d'une trousse commerciale (Illumina). Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué sur la plate-forme Illumina. Les séquences produites sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37. L’identité de l’échantillon est confirmée en parallèle en utilisant le SNaPshot™ Multiplex Kit de Applied Biosystems™. Les variations de séquence sont appelées à l'aide de VarDict (PMID : 27060149) et annotées à l'aide de SnpEff. Les variations du nombre de copies (CNV) sont détectées à l'aide d'une analyse de profondeur de couverture convertie en une échelle log2. Les CNV sont appelées si au moins 3 sondes consécutives ont moins de 1,5 copies (délétion) ou plus de 2,4 copies (duplication). Les variations sont interprétées conformément aux recommandations dans le domaine (PMID: 25741868). Les variations du nombre de copies cliniquement pertinentes sont confirmées par une méthode orthogonale (gap-PCR, micropuce, MLPA ou TaqMan).
Selon les résultats de l'étude de validation, la sensibilité et la spécificité analytiques sont >99% pour les variations de séquence et du nombre de copies. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d'une variation rare non détectable par cette analyse chez cette personne. Cette analyse ne détecte pas toutes les variations possibles des gènes testés. Sauf mention explicite, seuls les exons codants et les régions introniques adjacentes sont ciblés. En outre, certains types de variations techniquement difficiles peuvent ne pas être détectés: grandes délétions/insertions, petites variations du nombre de copies, réarrangements géniques, variations dans des régions répétées de faible complexité ou des duplications segmentaires, variations post-zygotiques (PMID: 34007000). L'interprétation des résultats dépend fortement des informations cliniques et démographiques fournies au laboratoire.
Seules les variations cliniquement pertinentes sont rapportées. Les variations bénignes/probablement bénignes ou de signification incertaine, ayant des preuves de pathogénicité limitées, ne sont pas rapportées.
Délai d'exécution : 4-6 semaines
Échantillons acceptés :
- 2 x 4 mL de sang (tube EDTA, bouchon violet)
- ADN : min 10 ug
- Pour tous autres types d'échantillons, contacter le laboratoire pour la disponibilité des analyses
Soumettez votre demande de test en utilisant notre requête de génétique moléculaire.