Cette analyse basée sur le séquençage d'amplicons ciblant 52 gènes vise à détecter des altérations somatiques récurrentes de l'ADN et de l'ARN cliniquement pertinentes dans les tumeurs solides. Celles-ci comprennent des variations mononucléotidiques (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels) dans 35 gènes, des variations du nombre de copies (CNVs) dans 19 gènes et des fusions géniques récurrentes et autres anomalies d'épissage dans 23 gènes.
Seulement les régions avec des altérations somatiques récurrentes (hotspots) sont couvertes par cette analyse.
Contenu du panel
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| AKT1 | NM_001382430.1 |
| ALK | NM_004304.5 |
| AR | NM_000044.6 |
| BRAF | NM_004333.6 |
| CDK4 | NM_000075.4 |
| CTNNB1 | NM_001904.4 |
| DDR2 | NM_006182.4 |
| EGFR | NM_005228.5 |
| ERBB2 | NM_004448.4 |
| ERBB3 | NM_001982.4 |
| ERBB4 | NM_005235.3 |
| ESR1 | NM_000125.4 |
| FGFR2 | NM_000141.5 |
| FGFR3 | NM_000142.5 |
| GNA11 | NM_002067.5 |
| GNAQ | NM_002072.5 |
| HRAS | NM_005343.4 |
| IDH1 | NM_005896.4 |
| IDH2 | NM_002168.4 |
| JAK1 | NM_002227.4 |
| JAK2 | NM_004972.4 |
| JAK3 | NM_000215.4 |
| KIT | NM_000222.3 |
| KRAS | NM_004985.5 |
| MAP2K1 | NM_002755.4 |
| MAP2K2 | NM_030662.4 |
| MET | NM_000245.4 |
| MTOR | NM_004958.4 |
| NRAS | NM_002524.5 |
| PDGFRA | NM_006206.6 |
| PIK3CA | NM_006218.4 |
| RAF1 | NM_002880.4 |
| RET | NM_020975.6 |
| ROS1 | NM_001378902.1 |
| SMO | NM_005631.5 |
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| ALK | NM_004304.5 |
| AR | NM_000044.6 |
| BRAF | NM_004333.6 |
| CCND1 | NM_053056.3 |
| CDK4 | NM_000075.4 |
| CDK6 | NM_001145306.2 |
| EGFR | NM_005228.5 |
| ERBB2 | NM_004448.4 |
| FGFR1 | NM_023110.3 |
| FGFR2 | NM_000141.5 |
| FGFR3 | NM_000142.5 |
| FGFR4 | NM_213647.3 |
| KIT | NM_000222.3 |
| KRAS | NM_004985.5 |
| MET | NM_000245.4 |
| MYC | NM_002467.6 |
| MYCN | NM_002467.6, NM_005378.6 |
| PDGFRA | NM_006206.6 |
| PIK3CA | NM_006218.4 |
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| ABL1 | NM_005157.6 |
| AKT3 | NM_005465.7 |
| ALK | NM_004304.5 |
| AXL | NM_021913.5 |
| BRAF | NM_004333.6 |
| EGFR | NM_005228.5 |
| ERBB2 | NM_004448.4 |
| ERG | NM_182918.4 |
| ETV1 | NM_004956.5 |
| ETV4 | NM_001079675.5 |
| ETV5 | NM_004454.3 |
| FGFR1 | NM_023110.3 |
| FGFR2 | NM_000141.5 |
| FGFR3 | NM_000142.5 |
| MET | NM_000245.4 |
| NTRK1 | NM_002529.4 |
| NTRK2 | NM_006180.6 |
| NTRK3 | NM_001012338.3 |
| PDGFRA | NM_006206.6 |
| PPARG | NM_138711.6 |
| RAF1 | NM_002880.4 |
| RET | NM_020975.6 |
| ROS1 | NM_001378902.1 |
Cette analyse est effectuée en parallèle sur de l'ADN et de l'ARN extraits du même échantillon tumoral à l'aide de la trousse AmpliSeq Focus Panel d'Illumina. Les régions d'ADN et d'ARN ciblées sont amplifiées par PCR multiplex. Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué à l'aide d'un appareil MiSeq (Illumina). Les séquences d'ADN obtenues sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37 afin d'identifier les SNVs, indels et CNVs. Les séquences d'ARN sont alignées sur une référence maison composée de fusions et d'autres altérations d'ARN ciblées.
Cette analyse ne détecte pas toutes les variations possibles des gènes ciblés. Seules les régions contenant des variations d'ADN et d'ARN somatiques récurrentes (hotspots) sont couvertes. De plus, un résultat négatif n'exclut pas la présence d'une altération qui pourrait être présente à un niveau inférieur aux limites de détection. La limite de pourcentage de cellules tumorales requise pour les échantillons soumis est de 10%, des pourcentages plus faibles pourraient donner des résultats faux négatifs. Tout échantillon contenant moins de 10% de cellules tumorales sera rapporté comme insatisfaisant. Cette analyse ne permet pas de différencier les variations germinales des variations somatiques.
La sensibilité peut varier en fonction de la qualité de l'ADN / ARN, du pourcentage de cellules tumorales et de l'hétérogénéité de la tumeur. Seules les variations cliniquement pertinentes (c'est-à-dire les variations de Tier I et II) sont rapportées. Pour les SNVs et les indels, le seuil de détection est fixé à un minimum de 5 lectures, pour une profondeur de séquençage minimale de 250 lectures, selon les critères recommandés pour identifier avec confiance des variations à une fréquence allélique de 5% (PMID: 28341590). Pour les CNVs, seules les amplifications d'au moins 5 copies sont rapportées. Pour l'ADN, au moins 95% des bases ciblées doivent être couvertes par un minimum de 250 lectures pour considérer un échantillon comme valide pour l'analyse. Pour l'ARN, un minimum de 20 000 lectures totales alignées et au moins 20 000 lectures sur les gènes de contrôle d'expression sont nécessaires pour considérer un échantillon comme valide. Seules les fusions couvertes par au moins 20 lectures sont détectées et rapportées.
Sachant que cette analyse est basée sur des amplicons, des variations rares situées dans les sites de liaison des amorces peuvent entraîner un diagnostic inexact en raison d'un phénomène d'élimination d'allèle.
La présence ou l'absence d'une altération donnée ne permet pas nécessairement de prédire la réponse au traitement chez tous les patients.
Les variations sont interprétées et catégorisées en fonction de leur impact clinique, conformément aux normes et directives dans le domaine (PMID: 27993330): Tier I pour les variations de signification clinique élevée (niveaux de preuves A et B); Tier II pour les variations avec une signification clinique potentielle (niveaux de preuves C et D); Tier III pour les variations de signification incertaine et Tier IV pour les variations bénignes ou probablement bénignes.
Délai d'exécution : 10 jours ouvrables
Échantillons acceptés :
- 10 coupes de 5 μm dans un tube de 1,5 mL (minimum de 5 coupes)
- 6 lames blanches de 5 μm d’épaisseur
- Un pourcentage de cellules tumorales (PCT) de 10% ou plus est requis. L'information doit absolument nous être transmise pour attester la validité du test.
Veuillez consulter nos directives de préparation et d'envoi d'échantillons pour plus de détails.
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