Cette analyse basée sur le séquençage d'amplicons ciblant 14 gènes vise à détecter des altérations somatiques récurrentes de l'ADN cliniquement pertinentes dans les tumeurs du cerveau. Celles-ci comprennent des variations mononucléotidiques (SNVs) et des petites insertions/délétions (indels).
Contenu du panel
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| ACVR1 | NM_001111067.4 (Arg206, Gln207, Arg258, Gly328 et Gly 356) |
| BRAF | NM_004333.6 (tous les residus dans les exons 11, 12, 13 et 15) |
| CTNNB1 | NM_001904.4 (tous les residus dans l'exon 3) |
| EGFR | NM_005228.5 (Arg108, Ala289 et Gly598) |
| FGFR1 | NM_023110.3 (Asn546 et Lys656) |
| H3-3A | NM_002107.7 (Lys28 (aussi connu comme Lys27) et Gly35 (aussi connu comme Gly34)) |
| H3C2 | NM_003537.4 (Lys28 (aussi connu comme Lys27)) |
| H3C3 | NM_003531.3 (Lys28 (aussi connu comme Lys27)) |
| IDH1 | NM_005896.4 (Arg132) |
| IDH2 | NM_002168.4 (Arg140 et Arg172) |
| PDGFRA | NM_006206.6 (Lys385) |
| PIK3CA | NM_006218.4 (Glu542, Glu545 et His1047) |
| TERT | NM_198253.3 (les positions du promoteur C228 (chr5:1,295,228) et C250 (chr5:1,295,250)) |
| TP53 | NM_000546.6 (exons codants et régions introniques adjacentes (+/- 10 bp)) |
Cette analyse est effectuée sur de l'ADN extraits de l'échantillon tumoral à l'aide du kit AmpliSeq d'Illumina. Les régions d'ADN ciblées sont amplifiées par PCR multiplex. Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué à l'aide d'un appareil MiSeq (Illumina). Les séquences d'ADN produites sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37 afin d'identifier SNVs et indels.
Cette analyse ne détecte pas toutes les variations possibles des gènes ciblés. Seules les régions contenant des variations d'ADN somatiques récurrentes (hotspots) sont couvertes. De plus, un résultat négatif n'exclut pas la présence d'une altération qui pourrait être présente à un niveau inférieur aux limites de détection. Le pourcentage minimal de noyaux tumoraux requis dans l'échantillon soumis est de 10 % ; des pourcentages inférieurs peuvent entraîner des résultats faux négatifs. Ce analyse ne permet pas toujours de différencier les variations germinales des variations somatiques.
Sa sensibilité peut varier en fonction de la qualité de l'ADN, du pourcentage de cellules tumorales et de l'hétérogénéité de la tumeur. Seules les variations cliniquement pertinentes (c'est-à-dire les variations de niveau I et II) sont rapportées. Pour les SNVs et les indels, le seuil de détection est fixé à un minimum de 5 lectures, à une profondeur de séquençage minimale de 250 lectures, lesquels sont les critères recommandés pour l'identification de variations à une fréquence de l'allèle mineur de 5% (PMID: 28341590). Au moins 95% des bases ciblées doivent être couvertes par un minimum de 250 lectures pour considérer un échantillon comme valide pour l'analyse. Sachant que cette analyse est basée sur des amplicons, des variations rares situées dans les sites de liaison des amorces peuvent entraîner un diagnostic inexact en raison d'un phénomène d'élimination d'allèle.
Il est possible que la présence ou l'absence d'une altération donnée ne puisse pas prédire la réponse au traitement chez tous les patients.
Les variations sont interprétées et catégorisées en fonction de leur impact clinique, conformément aux normes et directives dans le domaine (PMID: 27993330): niveau I pour les variations à forte pertinence clinique (niveaux de preuves A et B); niveau II pour les variations avec une pertinence clinique potentielle (niveaux de preuves C et D); niveau III pour les variations de signification incertaine et niveau IV pour les variations bénignes ou probablement bénignes.
Délai d'exécution : 10 jours ouvrables
Échantillons acceptés :
- 10 coupes de 5 μm dans un tube de 1,5 mL (minimum de 5 coupes)
- 6 lames blanches de 5 μm d’épaisseur
- Un pourcentage de cellules tumorales (PCT) de 10% ou plus est requis. L'information doit absolument nous être transmise pour attester la validité du test.
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