- Perte auditive neurosensorielle/mixte congénitale ou précoce
- Perte auditive neurosensorielle/mixte ET histoire familiale de perte auditive (fournir un pedigree détaillé sur la requête)
- Perte auditive neurosensorielle/mixte progressive ou tardive ET causes acquises exclues
Ce test consiste en un séquençage ciblé basé sur la capture, conçu pour détecter les altérations de séquence (SNV, indels) et les variations du nombre de copies (CNV) dans les exons codants et les régions introniques flanquantes (+/- 10 pb) de 169 gènes.
L'échantillon d'ADN est extrait au Laboratoire Central de Diagnostic Moléculaire du Centre Universitaire de Santé McGill (CUSM) et est ensuite envoyé au Centre Québécois de Génomique Clinique (CQGC) pour séquençage de l'exome et de l’ADN mitochondrial sur un NovaSeq X Plus (Illumina™). Les séquences sont alignées et comparées au génome de référence GRCh38 pour les 169 gènes incluent sur ce panel, et les variations sont détectées à l'aide du pipeline bio-informatique DRAGEN (Illumina™). La couverture moyenne de cette analyse est de 100X. Une amplification multiplex de sondes dépendant d'une ligation (MLPA) est effectuée en parallèle pour la confirmation des variations du nombre de copie (CNVs) dans STRC, CATSPER2 et OTOA. Les variations mononucléotidiques (SNVs) et les insertions/délétions rapportables dans STRC et OTOA sont confirmées par une PCR longs fragments pour exclure les variations situées dans un pseudogène. L’identité des échantillons est confirmée en comparant le génotype de 16 polymorphismes mononucléotidiques (SNPs) obtenus de l’alignement de séquence avec les résultats d’un génotypage indépendant (SNaPshot™, Thermofisher™).
Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d'une variation non détectable par cette analyse chez cet individu. Sauf mention explicite, seuls les exons codants et les régions introniques adjacentes sont ciblés. En outre, certains types de variations techniquement difficiles peuvent ne pas être détectés: grandes délétions/insertions, petites variations du nombre de copies, réarrangements géniques, variations dans des régions répétées de faible complexité, variations post-zygotiques (PMID: 34007000). Cette analyse peut également ne pas détecter des variations à faible mosaïcisme ou exclure un mosaïcisme germinal pour les variations de novo. De plus, certaines variations dans les gènes suivants pourraient ne pas être détectées dut à un pseudogène/un segment dupliqué : ACTG1, ALMS1, CISD2, ESPN, PNPT1, PRPS1, RDX, et TIMM8A. Si vous soupçonnez une variation dans un de ces gènes, veuillez contacter le laboratoire. Basé sur des études de validation, le seuil de détection d’hétéroplasmie mitochondriale est estimé à 5-10%. L'interprétation des résultats dépend fortement des informations cliniques et démographiques fournies au laboratoire.
Les variations sont interprétées conformément aux normes et lignes directrices du domaine (PMID : 25741868). Pour certains gènes, l’interprétation est réalisée en utilisant les lignes directrices d’un groupe d’expert en curation de variations (VCEP) de ClinGen. Seulement les variations cliniquement pertinentes sont rapportées. Les variations (probablement) bénignes, les variations de signification incertaine ayant des preuves limitées de pathogénicité, les allèles de risque qui ne sont pas actionnables et le statut de porteur pour des conditions ayant une faible corrélation clinique ne sont pas rapportées, conformément aux lignes directrices du domaine (acgs.uk.com/quality/best-practice-guidelines). La classification des variations peut changer avec le temps à la lumière de nouvelles informations. Veuillez contacter le laboratoire si la réinterprétation d’une variation est requise.
Comment soumettre votre demande
L'accès à ce test est réservé aux médecins exerçant dans les spécialités suivantes :
- Génétique médicale
- Pédiatrie
- Otorhinolaryngologie
Si vous appartenez à l’une de ces spécialités ET que votre patient rencontre au moins une des indications ici-bas, vous êtes éligible à demander cette analyse.
Nous encourageons fortement à ce que toute demande d’analyse soit effectuée en Trio (préférentiellement) ou en Duo, afin d’améliorer la qualité du résultat.
Une analyse en Trio implique de fournir un échantillon des deux parents biologiques de votre patient en plus d’un échantillon pour celui-ci.
Une analyse en Duo implique de fournir un échantillon d’un des parents biologiques de votre patient en plus d’un échantillon de celui-ci.
Afin de demander l’analyse vous devez :
- Imprimer et remplir la requête de génétique moléculaire du CUSM pour votre patient ET pour les parents de votre patient si l’analyse est demandé en Trio ou Duo.
- Imprimer et remplir le formulaire de critères d'éligibilité pour votre patient.
- Faire parvenir les échantillons, les requêtes de génétique moléculaire et le formulaire de critères d’éligibilité au laboratoire central de diagnostic moléculaire (CMDL) du CUSM (adresse au haut de la requête).
Veuillez utiliser ce tutoriel sur comment demander le panel de surdité non-syndromique afin de faciliter le processus de soumission.
Le CMDL se réserve le droit de suspendre ou d'annuler toute demande incomplète OU pour laquelle les informations cliniques soumises suggèrent une étiologie syndromique de perte auditive plutôt qu'une étiologie non-syndromique.
En cas de questions, veuillez nous contacter.
Délai d'exécution : 6-8 semaines
Échantillon accepté :
- 2 x 4 mL de sang (tube EDTA, bouchon violet)
- 1 x frottis buccal collecté avec le kit salivaire OCR-100 de Oragene