Cette analyse détecte les variations de séquence et du nombre de copies des exons codants et des régions introniques adjacentes (+/- 10 pb) de 31 gènes. Certaines variations pathogènes non codantes connues sont également couvertes.
Contenu du panel
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| APC | NM_000038.6 |
| ATM | NM_000051.4 |
| BARD1 | NM_000465.4 |
| BMPR1A | NM_004329.3 |
| BRCA1 | NM_007294.4 |
| BRCA2 | NM_000059.4 |
| BRIP1 | NM_032043.3 |
| CDH1 | NM_004360.5 |
| CDKN2A | NM_000077.5, NM_058195.4 |
| CHEK2 | NM_007194.4 |
| CTNNA1 | NM_001903.5 |
| EPCAM | NM_002354.3 |
| GREM1 | NM_013372.7 |
| HOXB13 | NM_006361.6 |
| MLH1 | NM_000249.4 |
| MSH2 | NM_000251.3 |
| MSH3 | NM_002439.5 |
| MSH6 | NM_000179.3 |
| MUTYH | NM_001048174.2 |
| NF1 | NM_001042492.3 |
| NTHL1 | NM_002528.7 |
| PALB2 | NM_024675.4 |
| PMS2 | NM_000535.7 |
| POLD1 | NM_002691.4 |
| POLE | NM_006231.4 |
| PTEN | NM_000314.8 |
| RAD51C | NM_058216.3 |
| RAD51D | NM_002878.4 |
| SMAD4 | NM_005359.6 |
| STK11 | NM_000455.5 |
| TP53 | NM_000546.6 |
Les régions ciblées sont enrichies à l'aide de sondes d'hybridation (IDT). Les librairies de séquençage sont préparées à l'aide d'une trousse commerciale (Illumina). Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué sur la plate-forme Illumina. Les séquences produites sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37. L’identité de l’échantillon est confirmée en parallèle en utilisant le SNaPshot™ Multiplex Kit de Applied Biosystems™. Les variations de séquence sont appelées à l'aide de VarDict (PMID : 27060149) et annotées à l'aide de SnpEff. Les variations du nombre de copies (CNV) sont détectées à l'aide d'une analyse de profondeur de couverture convertie en une échelle log2. Les CNV sont appelées si au moins 3 sondes consécutives ont moins de 1,5 copies (délétion) ou plus de 2,4 copies (duplication). Les variations sont interprétées conformément aux recommandations dans le domaine (PMID: 25741868).
Les variations du nombre de copies cliniquement pertinentes sont confirmées par une méthode orthogonale (gap-PCR, micropuce ou TaqMan), et seules les délétions/insertions d'exons complets pour BRCA1 et BRCA2 sont confirmées par MLPA (BRCA1 mélange de sondes P002, numéro de lot D1-0823 et BRCA2 mélange de sondes P090 numéro de lot C1-0622).
Selon les résultats de l'étude de validation, la sensibilité et la spécificité analytiques sont >99% pour les variations de séquence et du nombre de copies. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d'une variation rare non détectable par cette analyse chez cette personne. Cette analyse ne détecte pas toutes les variations possibles des gènes testés. Sauf mention explicite, seuls les exons codants et les régions introniques adjacentes sont ciblés. En outre, certains types de variations techniquement difficiles peuvent ne pas être détectés: grandes délétions/insertions, petites variations du nombre de copies, réarrangements géniques, variations dans des régions répétées de faible complexité ou des duplications segmentaires, variations post-zygotiques (PMID: 34007000). L'interprétation des résultats dépend fortement des informations cliniques et démographiques fournies au laboratoire.
Seules les variations cliniquement pertinentes sont rapportées. Les variations bénignes/probablement bénignes, de signification incertaine ayant des preuves de pathogénicité limitées et les allèles à faible risque sans pertinence clinique ne sont pas rapportées. La classification des variations peut changer au fil du temps compte tenu de nouvelles connaissances. Veuillez contacter le laboratoire si une réinterprétation des variations est nécessaire.
Délai d'exécution : 4-6 semaines
Échantillon accepté :
- 2 x 4 mL de sang (tube EDTA, bouchon violet)
Veuillez consulter les critères d’éligibilité pour déterminer si le patient est admissible au test.
Soumettez votre demande de test en utilisant notre requête de génétique moléculaire et y joindre le formulaire de critères d'éligibilité complété.