Cette analyse peut être demandée pour les patients atteints des types de tumeurs suivants:
- Sein (Triple négatif, HER2 négatif, ER+ à haut risque, gBRCA-positif*)
- Ovaire (Non mucineux de haut grade)
- Prostate (Résistant à la castration)
- Pancréas (Tous)
*Patients présentant une variation pathogène germinale du gène BRCA1/2
Cette analyse détecte les variations de séquence et du nombre de copies des exons codants et des régions introniques adjacentes (+/- 10 pb) de BRCA1 (NM_007294.4) et BRCA2 (NM_000059.4). Certaines variations pathogènes non codantes connues sont également couvertes.
Contenu du panel
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| BRCA1 | NM_007294.4 |
| BRCA2 | NM_000059.4 |
Les régions ciblées sont enrichies à l'aide de sondes d'hybridation (IDT). Les librairies de séquençage sont préparées à l'aide d'une trousse commerciale (Illumina). Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué sur la plate-forme Illumina. Les séquences produites sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37. Les variations sont interprétées conformément aux recommandations dans le domaine (PMID: 25741868). Seules les variations cliniquement pertinentes sont rapportées. Les variations bénignes/probablement bénignes, de signification incertaine présentant de faibles arguments de pathogénicité et les allèles à faible risque sans pertinence clinique ne sont pas signalés. Les variations cliniquement pertinentes sont confirmées par une méthode orthogonale (séquençage d'amplicons, gap-PCR, TaqMan ou MLPA). Les résultats des CNVs sont confirmés par MLPA.
Un résultat négatif n'exclut pas la présence d'une altération qui pourrait être présente à un niveau inférieur aux limites de détection. Le pourcentage minimal de noyaux tumoraux requis dans l'échantillon soumis est de 10 % ; des pourcentages inférieurs peuvent entraîner des résultats faux négatifs. Le pourcentage minimal de noyaux tumoraux requis pour la détection des CNVs est de 40 % ; des pourcentages inférieurs peuvent entraîner des résultats faux négatifs. Cette analyse ne permet pas toujours de différencier les variations germinales des variations somatiques. Sa sensibilité peut varier en fonction de la qualité de l'ADN, du pourcentage de cellules tumorales et de l'hétérogénéité de la tumeur.
Pour les SNVs et les indels, le seuil de détection est fixé à un minimum de 5 lectures, à une profondeur de séquençage minimale de 250 lectures, lesquels sont les critères recommandés pour l'identification de variations à une fréquence de l'allèle mineur de 5% (PMID: 28341590). Au moins 95% des bases ciblées doivent être couvertes par un minimum de 250 lectures pour considérer un échantillon comme valide pour l'analyse. La capacité à détecter les CNVs dépend fortement de la qualité de l'ADN. Par conséquent, un échantillon de mauvaise qualité peut entraîner une incapacité à détécter les CNVs et un résultat insatisfaisant.
Seules les variations cliniquement pertinentes (c'est-à-dire les variations pathogènes et probablement pathogènes) sont rapportées.
Délai d'exécution : 4-6 semaines
Échantillons acceptés :
- 10 coupes de 10 μm dans un tube de 1,5 mL
- 10 lames blanches de 10 μm d’épaisseur
- Un pourcentage de cellules tumorales (PCT) de 10% ou plus est requis. L'information doit absolument nous être transmise pour attester la validité du test.
Veuillez consulter nos directives de préparation et d'envoi d'échantillons pour plus de détails.
Soumettez votre demande de test en utilisant notre requête pour tumeur solide.