Ce test sera offert uniquement pour les types de cancers suivants durant sa phase initiale:
Cholangiocarcinome: Seuls les cas pour lesquels une analyse tumorale du gène FGFR n’aura pas été faite auparavant sont éligibles pour un profilage génomique étendu (PGE)
- Cancer séreux de haut grade de l'ovaire: Seuls les cas pour lesquels l'identification d’une altération des gènes BRCA n’est pas disponible sont éligibles pour un PGE
- Cancer de la prostate métastatique résistant à la castration: Le test est offert uniquement dans les cas où des analyses antérieures des gènes BRCA, effectuées à partir d’un échantillon tumoral ou sanguin, n’ont pas permis d’identifier des altérations cliniquement pertinentes des gènes BRCA. Pour que l'analyse puisse être réalisée, les résultats de toute analyse BRCA antérieure doivent être indiqués sur la requête.
Aucun autre type de cancer ne sera accepté pour le moment.
Ce test est un test de séquençage de nouvelle génération (NGS) ciblé par capture, conçu pour le profilage génomique complet (CGP) afin de détecter les altérations somatiques de l'ADN et de l'ARN au sein d'un ensemble sélectionné de gènes d'intérêt pour les tumeurs solides. Bien que le test porte sur 523 gènes, l'analyse se limite à un sous-ensemble prédéfini (panel virtuel) en fonction de la disponibilité des traitements approuvés au Québec. Le test détecte les variations de séquence (SNV et indels) et les variations du nombre de copies (CNV) dans l’ADN, ainsi que les fusions géniques dans l’ARN pour un groupe sélectionné de gènes. De plus, il évalue la charge mutationnelle tumorale (TMB), l’instabilité des microsatellites (MSI) et le déficit en recombinaison homologue (HRD).
Ce test est réalisé en parallèle sur l'ADN et l'ARN extraits d'un même échantillon tumoral frais, congelé ou fixé au formol et inclus en paraffine (FFPE), à l'aide du test TruSight™ Oncology 500 v2 (TSO500 v2) (Illumina). Une analyse secondaire est réalisée à l'aide de DRAGEN (Illumina) et les séquences d'ADN et d'ARN sont alignées sur le génome de référence GRCh37 (hg19). L'algorithme bioinformatique DRAGEN est utilisé pour effectuer la localisation des lectures, l'alignement des séquences et l'identification des altérations génomiques, notamment les variations nucléotidiques simples (SNV), les insertions et délétions (indels), les variations du nombre de copies (CNV), les fusions géniques et les variations d'épissage, conformément au protocole validé par le fabricant. L'analyse tertiaire est réalisée en interne, où les variations sont annotées à l'aide de SnpEff et de plusieurs bases de données publiques afin d'évaluer leur pertinence clinique, leur fréquence dans la population et leur pathogénicité connue. Des indicateurs de contrôle qualité sont évalués tant au stade du séquençage qu'à celui de l'appel des variations afin de garantir que l'intégrité des données et les performances du test répondent aux critères d'acceptabilité prédéfinis.
Ce test ne détecte pas toutes les altérations génomiques possibles, notamment les variations de faible fréquence allélique situées sous le seuil de détection, les variations structurelles complexes ou les indels de grande taille ou complexes ainsi que les variations dans les régions de grande complexité. Des résultats négatifs n'excluent pas la présence d'altérations non détectées.
Les performances du test dépendent du pourcentage de cellules tumorales (PCT), de l'hétérogénéité de la tumeur et de la qualité des acide nucléiques extraits. Un PCT minimale de 20 % est requise; les échantillons se situant sous ce seuil peuvent générer des résultats faux négatifs et sont considérés comme non concluants.
Le test ne permet pas de distinguer de manière fiable les variations somatiques des variations germinales.
Des seuils de détection et des exigences de couverture s'appliquent: Une analyse d'ADN valide nécessite une couverture ≥95 % des bases ciblées à une profondeur ≥ 250x. Les SNV/indels nécessitent au moins 5 lectures soutenant la variation. La détection des CNVs est limitée aux événements de gènes complets, avec une résolution au niveau des exons principalement pour les gènes BRCA1 et BRCA2 et de manière variable pour les autres gènes en fonction de la couverture et de la qualité. Les amplifications sont rapportées à partir de ≥ 5 copies. Pour qu'une analyse d'ADN soit valide, il faut que ≥ 95 % des bases ciblées soient couvertes à un facteur de multiplication de ≥ 250x. La détection des fusions à base d'ARN nécessite les paramètres de qualité de séquençage suivants : au moins 9 000 000 de lectures mappées au total ; une couverture minimale de ≥ 500x pour chaque gène ; un coefficient de variation acceptable < 93 ; et une taille médiane d'insert ≥ 80 pb, avec ≥ 5 lectures de confirmation.
Les résultats sont générés à l'aide d'une méthode de capture et doivent être interprétés dans le contexte des résultats cliniques et d'autres résultats diagnostiques. La précision dépend également de l'identification correcte des échantillons et des informations cliniques. La sensibilité analytique (échantillons FFPE avec un PCT ≥ 20 %) est estimée comme suit: 95,06 % pour les SNV/indels (IC : 92,10–97,15), 96,3% pour les CNVs (IC: 81,03-99,91), 100% pour MSI (IC: 71,51–100,00), 95% pour TMB (IC: 75,13–99,87), 93% pour HRD (IC: 66,13–99,82) et 100% pour les fusions géniques (IC: 96,11–100,00).
La sensibilité du test peut être réduite par une mauvaise qualité de l'ADN/ARN ou un faible PCT, ce qui augmente le risque de faux négatifs. Les estimations du TMB peuvent être surévaluées dans les échantillons présentant des alignements chimériques élevés (>5 %) et/ou une pureté tumorale élevée (>85 %).
Les variations sont interprétées et classifiées en fonction de leur impact clinique, conformément aux normes et directives en vigueur (PMID: 27993330): Niveau I, variations de signification clinique élevée (évidences de niveau A et B); Niveau II, variations de signification clinique potentielle (évidences de niveau C et D); Niveau III, variations dont la signification clinique est inconnue; et Niveau IV, variations bénignes ou probablement bénignes. Seules les variations des Niveaux I et II sont rapportées. Les classifications sont limitées par les informations disponibles au moment de la publication du rapport pour un phénotype, un gène, un locus ou une variation donnée.
Les variations structurelles classées comme bénignes ou probablement bénignes, observées à une fréquence significative parmi tous les échantillons testés ou dans les bases de données de population, et pour lesquelles il n'existe aucune preuve publiée d'association avec le cancer, ne sont pas incluses dans ce rapport.
Délai d'exécution : 15 jours ouvrables
Échantillon accepté :
- 10 coupes de 10 μm dans un tube de 1,5 mL
- 10 lames blanches de 10 μm d’épaisseur
Un pourcentage de cellules tumorales (PCT) de 20% ou plus est requis. L'information doit absolument nous être transmise pour attester la validité du test.
Veuillez consulter la fiche d'information pour plus de détails.
Soumettez votre demande de test en utilisant notre requête pour le profilage génomique étendu.