Test diagnostique :
- Patient.e suspecté.e pour la sclérose latérale amyotrophique selon les critères de El Escorial pour un diagnostic définitif ou probable.
Les analyses diagnostiques pour ce test (patients symptomatiques) peuvent être demandées par des neurologues et médecins généticiens seulement.
Les analyses prédictives pour ce test (patients asymptomatiques) peuvent être demandées par des médecins généticiens seulement.
Ce test consiste en trois analyses séparées : un panel multigène de trois gènes associés à la sclérose latérale amyotrophique (SLA), une analyse d’expansion nucléotidique dans C9orf72 et une analyse d’expansion nucléotidique dans ATXN2. Un rapport individuel sera soumis pour chacune des trois analyses.
Panel multigène :
Cette analyse détecte les variations de séquence et du nombre de copies des exons codants et des régions introniques adjacentes (+/- 10 pb) de SOD1 (NM_000454.5), FUS (NM_004960.4) et TARDBP (NM_007375.4).
Expansion nucléotidique de C9orf72 :
Ce test détecte l’expansion hétérozygote d'hexanucléotides (GGGGCC) dans la région 5' de C9orf72, qui est la cause génétique connue la plus fréquente de démence fronto-temporale (DFT), de SLA et de SLA-DFT (PMID: 20301623).
Expansion nucléotidique de ATXN2 :
Ce test détecte les expansions pathogènes et intermédiaires de la répétition CAG dans l'exon 1 de ATXN2, qui ont été associées à plusieurs pathologies, dont l'ataxie spinocérébelleuse 2 (SCA2) et un risque accru de développer une SLA (PMID : 20301452 ; 28017481).
Contenu du panel
| Gène | Transcrit |
|---|---|
| FUS | NM_004960.4 |
| SOD1 | NM_000454.5 |
| TARDBP | NM_007375.4 |
Panel multigène :
Les régions ciblées sont enrichies à l'aide de sondes d'hybridation (IDT). Les librairies de séquençage sont préparées à l'aide d'une trousse commerciale (Illumina). Le séquençage massif en parallèle bidirectionnel de fragments de 150 pb est effectué sur la plate-forme Illumina. Les séquences produites sont alignées et comparées au génome de référence GRCh37. L’identité de l’échantillon est confirmée en parallèle en utilisant le SNaPshot™ Multiplex Kit de Applied Biosystems™. Les variations sont interprétées conformément aux recommandations dans le domaine (PMID: 25741868). Les variations du nombre de copies cliniquement pertinentes sont confirmées par une méthode orthogonale (gap-PCR, micropuce, MLPA ou TaqMan).
Expansion nucléotidique de C9orf72 :
Cette analyse consiste à déterminer le nombre de répétitions d'hexanucléotides de C9orf72 par une combinaision de PCR amorcée par des répétitions, de PCR spécifique au gène et d'électrophorèse capillaire, tel que décrit précédemment (PMID: 30430876).
Expansion nucléotidique de ATXN2 :
Cette analyse consiste à déterminer le nombre de répétitions CAG du gène ATXN2 par PCR et électrophorèse capillaire, tel que décrit précédemment (PMID: 20740007).
Panel multigène :
Selon les résultats de l'étude de validation, la sensibilité et la spécificité analytiques sont >99% pour les variations de séquence et du nombre de copies. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d'une variation rare non détectable par cette analyse chez cette personne. Cette analyse ne détecte pas toutes les variations possibles des gènes testés. Sauf mention explicite, seuls les exons codants et les régions introniques adjacentes sont ciblés. En outre, certains types de variations techniquement difficiles peuvent ne pas être détectés: grandes délétions/insertions, petites variations du nombre de copies, réarrangements géniques, variations dans des régions répétées de faible complexité ou des duplications segmentaires, variations post-zygotiques (PMID: 34007000). L'interprétation des résultats dépend fortement des informations cliniques et démographiques fournies au laboratoire.
Expansion nucléotidique de C9orf72 :
Cette analyse détermine avec précision la taille des allèles jusqu'à 145 répétitions et détecte les expansions au-delà de ce nombre. Dans de rares cas, la présence d'insertions/délétions autour des répétitions d'hexanucléotides peut compromettre la précision du nombre de répétitions rapportées. En raison d'une instabilité somatique et germinale, le nombre de répétitions détecté dans le tissu testé peut ne pas refléter le nombre de répétitions dans d'autres tissus comme le cerveau. De plus, un résultat négatif n'exclut pas complètement la présence d'une expansion à l'état mosaïque étant donné que cette analyse n'est pas validée pour détecter des répétitions en mosaïque de bas niveau. La performance de cette analyse dépend de la précision du diagnostic clinique et des relations familiales déclarées au laboratoire. Des variations localisées dans les sites de liaison des amorces et de rares erreurs de génotypage peuvent entraîner des résultats erronés.
Expansion nucléotidique de ATXN2 :
Ce test est conçu pour détecter des répétitions CAG intermédiaires (29, 30, 31, ou 32) dans le gène ATXN2 pour les individus diagnostiqués avec la SLA. La performance de cette analyse dépend de la précision du diagnostic clinique et des relations familiales déclarées au laboratoire. Des variations d'ADN situées dans les sites de liaison des amorces et des rares erreurs de génotypage peuvent entraîner une analyse inexacte.
Panel multigène :
Seules les variations cliniquement pertinentes sont rapportées. Les variations bénignes/probablement bénignes ou de signification incertaine, ayant des preuves de pathogénicité limitées, ne sont pas rapportées.
Expansion nucléotidique de C9orf72 :
Bien que des expansions de centaines de répétitions soient pathogènes (avec une pénétrance dépendante de l'âge et incomplète), il n'y a actuellement pas de limite claire entre les allèles bénins et pathogènes (PMID: 33575483). À l'heure actuelle, les allèles de 24 répétitions ou moins sont considérés comme bénins alors que ceux de 61 répétitions ou plus sont considérés comme pathogènes. Les allèles intermédiaires de 25 à 60 répétitions ont été associés à un risque accru de maladie, mais leur pénétrance et leur expressivité demeurent mal connues (PMID: 31315673).
Expansion nucléotidique de ATXN2 :
Les allèles comportant 28 répétitions ou moins ne sont pas connus pour être pathogènes et ségrégent généralement sous forme de répétitions stables. Alors que les expansions pathogènes de >32 répétitions sont généralement associées au SCA2, des individus atteints de SLA et/ou de SCA2 ont été signalés dans cette gamme (PMID : 21562247 ; 28017481 ; 21670397 ; 21610160 ; 20740007). Les allèles d'expansion intermédiaire de l'ordre de 29, 30, 31 et 32 répétitions sont associés à un risque accru de développer la SLA, bien que leur pénétrance et leur expressivité au niveau individuel restent incomplètement comprises, car des expansions allant jusqu'à 31 répétitions ont également été signalées chez des contrôles (PMID : 21562247 ; 21670397 ; 25285812 ; 28017481). Les personnes homozygotes pour 31 répétitions ou hétérozygotes pour 33 répétitions CAG ou plus risquent de développer un SCA2 (PMID : 10735276 ; 30533529).
Délai d'exécution : 4-6 semaines
Échantillons acceptés :
- 2 x 4 mL de sang (tube EDTA, bouchon violet)
- ADN : min 10 ug
- Pour tous autres types d'échantillons, contacter le laboratoire pour la disponibilité des analyses
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